お世話になっております。
株式会社ワサビの上村です。
モール設定を確認したところストアIDの項目にYahoo! JAPAN ビジネス IDが入力されていたため、
受注が取り込まれなかった可能性があります。
こちらでストアIDの修正し、リフレッシュトークンを再取得させていただきましたので、次回注文より取り込まれるかと存じます。
また、受注が取り込まれない際は、受注チェック機能もお試しいただけますと幸いです。
Yahoo!ショッピングAPI連携が問題なく行えているか確認が可能になります。
受注が取り込まれていない時の対処法
https://wasabi-inc.biz/help/manual/order-check/
ご確認の程よろしくお願いいたします。